Un objectif majeur de l'oncogénomique est d'identifier des signatures moléculaires communes à un ensemble de tumeurs, indépendamment de l'organe d'origine. Ces signatures, qui peuvent être définies au niveau ADN, ARN ou protéique, permettent de concevoir de nouveaux modes de diagnostic et de nouvelles thérapies pan-cancer. Nos équipe de l'Institut Curie Paris et de l'I2BC Gif-sur-Yvette, recrutent un chercheur post-doctoral avec une expérience en bioinformatique du cancer pour mener à bien un tel projet. Le chercheur aura pour mission de découvrir les signatures ARN induites par les mutations des gènes de maturation des ARN. Ces signatures seront ensuite utilisées pour identifier de nouveaux gènes altérés provoquant le même phénotype. Le projet mettra en œuvre des protocoles d'analyse RNA-seq sans référence capable d'identifier des altérations non annotées.
Activités
Développement, déploiement et utilisation de pipelines d'analyse RNA-seq utilisant des méthodes par k-mer.
Constitution et analyse de jeux de données RNA-seq, analyse fonctionnelle de signatures ARN
Rédaction de publications scientifiques.
Compétences
Nous recherchons des candidats avec un profil bioinformatique et une expérience démontrée (niveau thèse) en transcriptomique/génomique des cancers. Les candidats seront spécialement motivés par les questions de biologie des cancer pouvant être abordées à l'aide des grandes bases de données transcriptomiques.
Les compétences techniques attendues comprennent:
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Maîtrise des outils de base d'analyse NGS (RNA-seq, WGS, WES).
Contexte de travail
Le candidat réalisera ses missions en partie à l'Institut Curie Paris et l'I2BC dans le cadre d'un financement conjoint. Les deux laboratoires rassemblent une masse critique de chercheurs, ingénieurs et doctorants intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer, travaillant en collaboration avec des médecins oncologues et immunologistes. L'environnement bioinformatique est également très riche et animé sur les deux sites, qui sont dotés d'infrastructures de calcul de haut niveau.
Le candidat réalisera ses missions en partie à l'Institut Curie Paris et l'I2BC dans le cadre d'un financement conjoint. Les deux laboratoires rassemblent une masse critique de chercheurs, ingénieurs et doctorants intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer, travaillant en collaboration avec des médecins oncologues et immunologistes. L'environnement bioinformatique est également très riche et animé sur les deux sites, qui sont dotés d'infrastructures de calcul de haut niveau.
Informations complémentaires
Références :
1. Bessière C, Xue H, Guibert B, Boureux A, Rufflé F, Viot J, Chikhi R, Salson M, Marchet C, Commes T, ¬Gautheret D. (2024) Transipedia.org: k-mer-based exploration of large RNA sequencing datasets and application to cancer data. Genome Biol. 25:266. https://doi.org/10.1186/s13059-024-03413-5
2. Pradat Y, [••], Gautheret D*, Nikolaev S.* (2023) Integrative pan-cancer genomic and transcriptomic analyses of refractory metastatic cancer. Cancer Discovery. 13:1116–1143. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-22-0966
3. Wang Y, Xue H, Aglave M, Lainé A, Gallopin M, Gautheret D. (2022) The contribution of uncharted RNA sequences to tumor identity in lung adenocarcinoma. NAR Cancer. 4:1. https://doi.org/10.1093/narcan/zcac001
4. Foretek D, .. Morillon A. (2023) DIS3 ribonuclease prevents the cytoplasmic accumulation of lncRNAs carrying non-canonical ORFs. Preprint. https://hal.science/hal-04279440/
Références :
1. Bessière C, Xue H, Guibert B, Boureux A, Rufflé F, Viot J, Chikhi R, Salson M, Marchet C, Commes T, ¬Gautheret D. (2024) Transipedia.org: k-mer-based exploration of large RNA sequencing datasets and application to cancer data. Genome Biol. 25:266. https://doi.org/10.1186/s13059-024-03413-5
2. Pradat Y, [••], Gautheret D*, Nikolaev S.* (2023) Integrative pan-cancer genomic and transcriptomic analyses of refractory metastatic cancer. Cancer Discovery. 13:1116–1143. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-22-0966
3. Wang Y, Xue H, Aglave M, Lainé A, Gallopin M, Gautheret D. (2022) The contribution of uncharted RNA sequences to tumor identity in lung adenocarcinoma. NAR Cancer. 4:1. https://doi.org/10.1093/narcan/zcac001
4. Foretek D, .. Morillon A. (2023) DIS3 ribonuclease prevents the cytoplasmic accumulation of lncRNAs carrying non-canonical ORFs. Preprint. https://hal.science/hal-04279440/